همتای تاریک موترا یعنی باترا، ظهور می‌کند تا به نمایندگی از زمین، بشریت را نابود کند. دو پری کوچک به نام کازموس با فراخواندن موترا برای مبارزه با این موجود، کمک خود را ارائه می‌دهند. متأسفانه یک شهاب‌سنگ باعث بیدار شدن گودزیلای در حال خواب زمستانی شده و نبردی سه‌جانبه برای بقای زمین آغاز می‌شود.

مرکز مقابله با گودزیلا در سازمان ملل بقایای مگا-کینگ گیدورا را بازیابی کرده و مگاگودزیلا را به عنوان سلاحی برای مقابله با گودزیلا می‌سازد. در همین حال، یک تخم غول‌پیکر به همراه هیولای جدیدی به نام رودان کشف می‌شود. به زودی مشخص می‌شود که این تخم چیزی نیست جز نوزاد گودزیلاسوروس.

یک گودزیلای سوزان که در آستانه فروپاشی و انفجار است، برای محاصره هنگ‌کنگ ظاهر می‌شود. هم‌زمان، موجودات هولناک جدیدی در ژاپن کشف می‌شوند. به نظر می‌رسد این موجودات سخت‌پوست‌مانند، از ناوشکن اکسیژن متولد شده‌اند؛ همان سلاحی که گودزیلای اصلی را از بین برد.

یک گروه مستقل از پژوهشگران به نام «شبکه پیش‌بینی گودزیلا» به طور فعال گودزیلا را در حالی که در نمورو به خشکی می‌رسد، ردیابی می‌کنند. ماجرا زمانی پیچیده‌تر می‌شود که یک شهاب‌سنگ غول‌پیکر در استان ایباراکی کشف می‌شود. این سنگ مرموز شروع به معلق شدن در هوا می‌کند و نیت واقعی آن برای جهان و گودزیلا آشکار می‌شود.

شاهزاده یاماتو پس از کشتن برادرش، از قلمرو پدرش تبعید می‌شود تا زمانی که بتواند قدرت‌های خطرناک خود را تحت کنترل درآورد. او در طول سفر خود با کاهنه جادوگر، اوتو، آشنا و همراه می‌شود و آن‌ها با هم به جنگ با خدای شریری می‌روند که در قالب یک هیدرا (مار چندسر) غول‌پیکر در حال ویران کردن زمین است. آیا یاماتو هرگز به خانه بازخواهد گشت تا جایگاه واقعی خود را بر تخت پادشاهی پس بگیرد؟